MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 chromosome

Total Repeats: 78835

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012225	AATA	2	8	233	240	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
2	NC_012225	AATA	2	8	301	308	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
3	NC_012225	AATA	2	8	370	377	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
4	NC_012225	AATA	2	8	439	446	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
5	NC_012225	AATA	2	8	508	515	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
6	NC_012225	AATA	2	8	577	584	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
7	NC_012225	CAT	2	6	767	772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618952
8	NC_012225	CTA	2	6	788	793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618952
9	NC_012225	GAA	2	6	805	810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618952
10	NC_012225	ATT	2	6	821	826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618952
11	NC_012225	A	6	6	897	902	100 %	0 %	0 %	0 %	225618952
12	NC_012225	TGA	2	6	960	965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618952
13	NC_012225	GATT	2	8	1028	1035	25 %	50 %	25 %	0 %	225618952
14	NC_012225	ATA	2	6	1052	1057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618952
15	NC_012225	TAT	2	6	1110	1115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618952
16	NC_012225	TGA	2	6	1116	1121	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618952
17	NC_012225	ATT	2	6	1127	1132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618952
18	NC_012225	ATC	2	6	1182	1187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618952
19	NC_012225	A	7	7	1209	1215	100 %	0 %	0 %	0 %	225618952
20	NC_012225	CGG	2	6	1251	1256	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	225618952
21	NC_012225	AAT	2	6	1336	1341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618952
22	NC_012225	A	6	6	1342	1347	100 %	0 %	0 %	0 %	225618952
23	NC_012225	TAA	2	6	1356	1361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618952
24	NC_012225	ATA	8	24	1478	1501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
25	NC_012225	AT	3	6	1527	1532	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
26	NC_012225	TTTTG	2	10	1587	1596	0 %	80 %	20 %	0 %	225618953
27	NC_012225	ACT	2	6	1612	1617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618953
28	NC_012225	TAA	2	6	1631	1636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
29	NC_012225	ATA	2	6	1639	1644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
30	NC_012225	A	6	6	1648	1653	100 %	0 %	0 %	0 %	225618953
31	NC_012225	TA	3	6	1661	1666	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
32	NC_012225	TAA	2	6	1691	1696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
33	NC_012225	T	7	7	1706	1712	0 %	100 %	0 %	0 %	225618953
34	NC_012225	TA	3	6	1730	1735	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
35	NC_012225	TTA	2	6	1779	1784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
36	NC_012225	TA	3	6	1783	1788	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
37	NC_012225	TAG	2	6	1808	1813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618953
38	NC_012225	TAT	2	6	1815	1820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
39	NC_012225	AG	3	6	1828	1833	50 %	0 %	50 %	0 %	225618953
40	NC_012225	A	7	7	1834	1840	100 %	0 %	0 %	0 %	225618953
41	NC_012225	GCA	2	6	1855	1860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618953
42	NC_012225	ATT	2	6	1861	1866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
43	NC_012225	CCT	2	6	1912	1917	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618953
44	NC_012225	T	6	6	1927	1932	0 %	100 %	0 %	0 %	225618953
45	NC_012225	A	6	6	1966	1971	100 %	0 %	0 %	0 %	225618953
46	NC_012225	AT	3	6	1978	1983	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
47	NC_012225	ACT	2	6	2011	2016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618953
48	NC_012225	AAT	2	6	2034	2039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
49	NC_012225	AT	3	6	2050	2055	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
50	NC_012225	CTC	2	6	2066	2071	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618953
51	NC_012225	AGC	2	6	2145	2150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618953
52	NC_012225	TTC	2	6	2180	2185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618953
53	NC_012225	T	6	6	2200	2205	0 %	100 %	0 %	0 %	225618953
54	NC_012225	TACTT	2	10	2208	2217	20 %	60 %	0 %	20 %	225618953
55	NC_012225	GAA	2	6	2236	2241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618953
56	NC_012225	TAA	2	6	2273	2278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
57	NC_012225	TAT	2	6	2279	2284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
58	NC_012225	CTA	2	6	2321	2326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618953
59	NC_012225	TAAT	2	8	2334	2341	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
60	NC_012225	ATTA	2	8	2426	2433	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
61	NC_012225	TTC	2	6	2479	2484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618954
62	NC_012225	TCC	2	6	2563	2568	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618954
63	NC_012225	AT	3	6	2602	2607	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
64	NC_012225	AT	3	6	2631	2636	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
65	NC_012225	TAA	2	6	2649	2654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618954
66	NC_012225	AATT	2	8	2670	2677	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
67	NC_012225	A	6	6	2685	2690	100 %	0 %	0 %	0 %	225618954
68	NC_012225	ACATAT	2	12	2733	2744	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	225618954
69	NC_012225	ATT	2	6	2789	2794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618954
70	NC_012225	T	6	6	2804	2809	0 %	100 %	0 %	0 %	225618954
71	NC_012225	GCA	2	6	2837	2842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618954
72	NC_012225	T	6	6	2843	2848	0 %	100 %	0 %	0 %	225618954
73	NC_012225	TCTG	2	8	2854	2861	0 %	50 %	25 %	25 %	225618954
74	NC_012225	TTC	2	6	2875	2880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618954
75	NC_012225	TAT	2	6	2889	2894	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618954
76	NC_012225	AT	3	6	2893	2898	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
77	NC_012225	AGA	2	6	2920	2925	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618954
78	NC_012225	CTT	2	6	2949	2954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618954
79	NC_012225	GAA	2	6	2958	2963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618954
80	NC_012225	CTTTG	2	10	2997	3006	0 %	60 %	20 %	20 %	225618954
81	NC_012225	ATT	2	6	3046	3051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618954
82	NC_012225	TAA	2	6	3068	3073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618954
83	NC_012225	TAAA	2	8	3099	3106	75 %	25 %	0 %	0 %	225618954
84	NC_012225	TTTA	2	8	3192	3199	25 %	75 %	0 %	0 %	225618955
85	NC_012225	CAA	2	6	3213	3218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	225618955
86	NC_012225	TCT	2	6	3284	3289	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
87	NC_012225	CTT	2	6	3291	3296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
88	NC_012225	ATA	2	6	3300	3305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618955
89	NC_012225	CAT	2	6	3312	3317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618955
90	NC_012225	T	6	6	3328	3333	0 %	100 %	0 %	0 %	225618955
91	NC_012225	TAT	2	6	3355	3360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618955
92	NC_012225	TTTA	2	8	3370	3377	25 %	75 %	0 %	0 %	225618955
93	NC_012225	T	6	6	3442	3447	0 %	100 %	0 %	0 %	225618955
94	NC_012225	TCT	2	6	3449	3454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
95	NC_012225	T	7	7	3472	3478	0 %	100 %	0 %	0 %	225618955
96	NC_012225	TAG	2	6	3597	3602	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618955
97	NC_012225	TCT	2	6	3641	3646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
98	NC_012225	TA	3	6	3709	3714	50 %	50 %	0 %	0 %	225618955
99	NC_012225	GAA	2	6	3740	3745	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618955
100	NC_012225	TTTC	2	8	3750	3757	0 %	75 %	0 %	25 %	225618955
101	NC_012225	GAA	2	6	4077	4082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618956
102	NC_012225	TA	3	6	4109	4114	50 %	50 %	0 %	0 %	225618956
103	NC_012225	A	6	6	4215	4220	100 %	0 %	0 %	0 %	225618956
104	NC_012225	GAA	2	6	4227	4232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618956
105	NC_012225	A	6	6	4231	4236	100 %	0 %	0 %	0 %	225618956
106	NC_012225	AGA	2	6	4260	4265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618956
107	NC_012225	TGA	2	6	4280	4285	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618956
108	NC_012225	TGA	2	6	4349	4354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618956
109	NC_012225	TA	3	6	4357	4362	50 %	50 %	0 %	0 %	225618956
110	NC_012225	AAT	2	6	4372	4377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618956
111	NC_012225	A	6	6	4390	4395	100 %	0 %	0 %	0 %	225618957
112	NC_012225	T	7	7	4403	4409	0 %	100 %	0 %	0 %	225618957
113	NC_012225	GTT	2	6	4417	4422	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225618957
114	NC_012225	T	7	7	4421	4427	0 %	100 %	0 %	0 %	225618957
115	NC_012225	AGGA	2	8	4466	4473	50 %	0 %	50 %	0 %	225618957
116	NC_012225	ATA	2	6	4486	4491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
117	NC_012225	TAA	2	6	4518	4523	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
118	NC_012225	TAT	2	6	4546	4551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618957
119	NC_012225	ATA	2	6	4558	4563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
120	NC_012225	TTA	2	6	4608	4613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618957
121	NC_012225	TTA	3	9	4629	4637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618957
122	NC_012225	A	7	7	4640	4646	100 %	0 %	0 %	0 %	225618957
123	NC_012225	GAA	2	6	4651	4656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618957
124	NC_012225	AAT	2	6	4684	4689	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
125	NC_012225	CCT	2	6	4702	4707	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618957
126	NC_012225	GAA	2	6	4744	4749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618957
127	NC_012225	AGA	3	9	4779	4787	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618957
128	NC_012225	GAA	2	6	4801	4806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618957
129	NC_012225	A	6	6	4821	4826	100 %	0 %	0 %	0 %	225618957
130	NC_012225	TA	3	6	4986	4991	50 %	50 %	0 %	0 %	225618958
131	NC_012225	T	6	6	5025	5030	0 %	100 %	0 %	0 %	225618958
132	NC_012225	TAG	2	6	5101	5106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618958
133	NC_012225	TA	3	6	5117	5122	50 %	50 %	0 %	0 %	225618958
134	NC_012225	ATT	2	6	5125	5130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
135	NC_012225	ATTT	3	12	5140	5151	25 %	75 %	0 %	0 %	225618958
136	NC_012225	ATA	2	6	5167	5172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618958
137	NC_012225	TAT	2	6	5193	5198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
138	NC_012225	A	6	6	5216	5221	100 %	0 %	0 %	0 %	225618958
139	NC_012225	AGC	2	6	5234	5239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618958
140	NC_012225	GAA	2	6	5289	5294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618958
141	NC_012225	A	6	6	5356	5361	100 %	0 %	0 %	0 %	225618958
142	NC_012225	GAA	2	6	5370	5375	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618958
143	NC_012225	TAA	2	6	5396	5401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618958
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148	NC_012225	CTC	2	6	5578	5583	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618958
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152	NC_012225	TAT	2	6	5720	5725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
153	NC_012225	TTC	2	6	5751	5756	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618958
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257	NC_012225	TTTA	2	8	10197	10204	25 %	75 %	0 %	0 %	225618962
258	NC_012225	T	6	6	10213	10218	0 %	100 %	0 %	0 %	225618962
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261	NC_012225	TAA	2	6	10310	10315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618962
262	NC_012225	AT	3	6	10420	10425	50 %	50 %	0 %	0 %	225618962
263	NC_012225	T	6	6	10444	10449	0 %	100 %	0 %	0 %	225618962
264	NC_012225	TA	3	6	10492	10497	50 %	50 %	0 %	0 %	225618962
265	NC_012225	GA	3	6	10504	10509	50 %	0 %	50 %	0 %	225618962
266	NC_012225	TAA	2	6	10529	10534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618962
267	NC_012225	CCTG	2	8	10585	10592	0 %	25 %	25 %	50 %	225618962
268	NC_012225	AT	3	6	10652	10657	50 %	50 %	0 %	0 %	225618962
269	NC_012225	CTATGC	2	12	10664	10675	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	225618962
270	NC_012225	ATT	2	6	10692	10697	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618962
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272	NC_012225	GGC	2	6	10716	10721	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	225618962
273	NC_012225	GTT	2	6	10732	10737	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225618962
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399	NC_012225	ATT	3	9	15352	15360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618964
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